• Odjel za cestovni prijevoz vodi prvostupanjski upravni postupak iz nadležnosti Odjela, provodi upravni nadzor, obavlja stručne poslove iz područja cestovnog prijevoza, daje stručna mišljenja i objašnjenja iz područja cestovnog prijevoza, priprema i provodi dvostrane i višestrane međunarodne ugovore koji se odnose na cestovni prijevoz, izrađuje akte o provođenju dvostranih i višestranih međunarodnih ugovora, priprema i usuglašava domaće zakonodavstvo s međunarodnim standardima, prati i analizira stanje gospodarskih subjekata u cestovnom prijevozu, te priprema i izrađuje izvješća, obavlja i druge poslove koji proizlaze iz prirode posla odnosno naloga ministra, a odnose se na cestovni prijevoz.

• Odsjek za prijevoz putnika vodi prvostupanjski upravni postupak, provodi upravni nadzor, obavlja stručne poslove iz područja unutarnjeg i međunarodnoga cestovnoga prijevoza putnika, provodi primjenu međunarodnih ugovora, prati i analizira stanje gospodarskih subjekata u unutarnjem i međunarodnom cestovnom prijevozu putnika, izrađuje izvješća, obavlja i druge poslove koji proizlaze iz prirode posla, a odnose se na cestovni prijevoz putnika.

• Odsjek za prijevoz tereta vodi prvostupanjski upravni postupak, provodi upravni nadzor, obavlja stručne poslove iz područja unutarnjeg i međunarodnoga cestovnog prijevoza tereta, provodi primjenu međunarodnih ugovora, prati i analizira stanje gospodarskih subjekata u unutarnjem i međunarodnom cestovnom prijevozu tereta, izrađuje izvješća, obavlja i druge poslove koji proizlaze iz prirode posla, a odnose se na cestovni prijevoz tereta.

• Uprava željezničkog prometa provodi upravne i druge stručne poslove koji se odnose na željeznice, priprema nacrte prijedloga zakona i drugih propisa iz područja željezničkog i kombiniranog prometa, priprema nacrte podzakonskih akata za djelatnost željeznice, daje suglasnosti na opće akte koji se donose temeljem zakona, utvrđuje posebne uvjete i daje suglasnosti na tehničku dokumentaciju za građenje željezničkih pruga, glede tih posebnih uvjeta, sudjeluje u radu komisija za tehnički pregled prototipa željezničkog vozila i izdaje odobrenje za upotrebu, daje prijedloge o razvrstavanju željezničkih pruga, daje odobrenje za ukidanje vlakova za prijevoz putnika, daje ovlast za obavljanje tehničkog pregleda serijskog vozila, sudjeluje u radu komisija za tehnički pregled pruga i objekata od značaja za Republiku Hrvatsku, izrađuje nacrte prijedloga zakona i uredbi o ratifikaciji međunarodnih ugovora koji se odnose na željeznički i kombinirani promet, izrađuje prijedloge međudržavnih sporazuma odnosno ugovora koji se odnose na željeznički i kombinirani promet, sudjeluje u međunarodnim tijelima i komisijama za željeznički i kombinirani promet, sudjeluje u predlaganju politike razvoja željezničkog i kombiniranog prometa, sudjeluje u pripremi podloga za izradu državnog proračuna, priprema upute i smjernice za izradu planova izgradnje, osuvremenjivanja i održavanja željezničkih stabilnih postrojenja, prati realizaciju planova izgradnje, osuvremenjivanja i održavanja željezničkih stabilnih postrojenja, priprema izvješća o stanju željezničkog prometa i ostvarivanju planova razvoja, osuvremenjivanja i održavanja željezničke infrastrukture, prati stanje u poslovanju Hrvatskih željeznica, putem izvješća o poslovanju, prati tehničko i funkcionalno stanje željezničke infrastrukture, sudjeluje u pripremi podloga za utvrđenje visine naknade za korištenje željezničkih stabilnih postrojenja, sudjeluje u pripremi podloga za ocjenjivanje rentabilnosti pruga i utvrđivanje naknade troškova željezničkog prijevoza na prugama na kojima se od prihoda ne mogu pokriti ukupni troškovi prijevoza, sudjeluje u pripremanju podloga za utvrđivanje prijevoza po povlaštenoj cijeni, sudjeluje u izradi nacrta prijedloga zakona i drugih propisa iz ostalih prometnih grana u dijelu koji se odnosi na kombinirani prijevoz, prati i analizira stanje, poslovanje i razvoj gospodarskih subjekata koji obavljaju kombinirani prijevoz, priprema prijedloge mjera i rješenja za razvitak i poboljšanje rada u kombiniranom prijevozu, organizira međugradsku suradnju za razvoj kombiniranog prijevoza, provodi i osigurava primjenu zakona i ostalih propisa u oblasti željeznica i kombiniranog prijevoza, obavlja i druge poslove koji proizlaze iz prirode posla, odnosno naloga ministra, a odnose se na željeznički i kombinirani promet.

• Odjel željezničke infrastrukture i pružnih postrojenja obavlja upravno-pravne i druge stručne poslove koji se odnose na željezničku infrastrukturu, a u svezi izrade nacrta prijedloga zakona i podzakonskih akata, neposredne primjene zakona i međunarodnih propisa, donošenja propisa za njihovu provedbu, upravnog nadzora, praćenja stanja, izrade stručnih podloga i prijedloga poduzimanja odgovarajućih mjera.

• Odjel željezničkog i kombiniranog prometa obavlja upravno--pravne i druge stručne poslove u svezi izrade nacrta prijedloga zakona i podzakonskih akata, donošenja provedbenih propisa, neposredne primjene zakona i međunarodnih propisa, upravnog postupka, upravnog nadzora, praćenja stanja, pripreme informacija i drugih stručnih materijala, te izrada stručnih podloga i prijedloga za unaprjeđenje željezničkog prijevoza.