• Odjel izrađuje odgovore na zastupnička pitanja i predstavke te priprema odgovore u vezi s informiranjem javnosti. Izrađuje mišljenja i upute te obavlja i druge poslove iz djelokruga Odjela i one koje odredi državni tajnik ili ministar.

• Odsjek za opasni otpad obavlja upravne i stručne poslove u vezi s provedbom mjera gospodarenja opasnim otpadom i u vezi s prekograničnim prometom otpadom. Izrađuje dozvole za gospodarenje opasnim otpadom, dozvole za gospodarenje opasnim otpadom centrima za gospodarenje opasnim otpadom, dozvole za termičku obradu otpada, te izrađuje privremene dozvole. Donosi rješenja o izvozu opasnog otpada i rješenja o provozu opasnog otpada. U Odsjeku se vode očevidnici u vezi s gospodarenjem opasnim otpadom i izvozom opasnog otpada. Odsjek obavlja stručne pripreme za provedbu sanacije okoliša onečišćenog opasnim otpadom. Odsjek izrađuje odgovore na zastupnička pitanja i predstavke, priprema odgovore u vezi s informiranjem javnosti, izrađuje mišljenja i upute, te obavlja i druge poslove iz djelokruga Odsjeka i one koje odredi državni tajnik ili ministar.

• Odsjek za neopasni otpad obavlja upravne i stručne poslove u vezi s provedbom mjera gospodarenja neopasnim otpadom. U Odsjeku se izrađuju rješenja o uvozu neopasnog otpada izdaju potvrde o upisu u očevidnik izvoznika neopasnog otpada, izdaju suglasnosti za skladištenje otpada te obavljaju stručne pripreme za dodjelu koncesija. U Odsjeku se vode očevidnici izdanih suglasnosti, o posrednicima gospodarenja otpadom, o izvoznicima neopasnog otpada i drugi očevidnici iz djelokruga Odsjeka. Obavlja stručne pripreme i daje prijedloge u vezi s provedbom sanacije okoliša onečišćenog otpadom. Odsjek izrađuje odgovore na zastupnička pitanja i predstavke, priprema odgovore u vezi s informiranjem javnosti, izrađuje mišljenja i upute, te obavlja i druge poslove iz djelokruga Odsjeka i one koje odredi državni tajnik ili ministar.

• Odjel za planove i projekte obavlja upravne i stručne poslove u vezi s centrima za gospodarenje otpadom te izrađuje izvješće o njihovoj provedbi. Odjel sudjeluje u izradi smjernica za unapređivanje sustava gospodarenje opasnim otpadom kroz uspostavu centara za gospodarenje opasnim otpadom. Odjel daje prijedloge i mišljenja u vezi s provedbom izgradnje centara za gospodarenje neopasnim otpadom.

• Odsjek za posebne programe zbrinjavanje otpada obavlja stručne poslove u vezi s planskim dokumentima gospodarenja otpadom kao provedbenim dokumentima. Odsjek daje prijedloge i mišljenja u svezi Strategije gospodarenje otpadom, Planom gospodarenja otpadom Republike Hrvatske, županijskih planova gospodarenja otpadom, Plana gospodarenja otpadom Grada Zagreba, gradskih, odnosno općinskih planova gospodarenja otpadom, te planova gospodarenja otpadom proizvođača otpada. Odsjek nadzire provedbu Strategije gospodarenja otpadom i Plana gospodarenja otpadom. Odsjek sudjeluje u obavljanju stručnih poslova vezanih za projekte gospodarenja otpadom. Odsjek sudjeluje u pripremi i izradi stručnih podloga za izradu nacrta prijedloga zakona i drugih propisa, planova, programa i izvješća gospodarenja otpadom te prati njihovu provedbu. Odsjek sudjeluje u obavljanju stručnih poslova usklađivanja zakonodavstva iz područja gospodarenja otpadom s propisima Europske unije. Odsjek priprema odgovore na zastupnička pitanja i predstavke, priprema odgovore u vezi s informiranjem javnosti, izrađuje mišljenja i upute, te obavlja i druge poslove iz djelokruga Odsjeka i one koje odredi državni tajnik ili ministar.

• U Odsjeku se obavljaju stručni poslovi u vezi s pripremama izrade programa sanacije te poslovi u vezi s izradom i izdavanjem suglasnosti u vezi sa sanacijskim programom kada je za isto nadležno Ministarstvo. Odsjek koordinira aktivnosti u provedbi sanacije oštećenog okoliša te u vezi s izradom cjelovitog sanacijskog programa u slučajevima kada onečišćivač okoliša nije poznat, prati i analizira provedbu mjera u vezi s provedenim sanacijama.«.