• Plansko-operativni odjel obavlja stručne poslove vezane za: provedbu obrambene politike i smjernica ministra obrane radi ulaska Republike Hrvatske u NATO, praćenje i raščlambu procesa i ključnih aktivnosti u NATO-u i državama članicama Partnerstva za mir, predlaganje politike Ministarstva prema NATO-u i Partnerstvu za mir, upravljanje, nadzor i koordinaciju aktivnosti Ministarstva i ostalih ministarstava u NATO-u i aktivnostima Partnerstva za mir, planiranje aktivnosti u Partnerstvu za mir kroz partnerski radni program i Individualni partnerski program, usklađivanje i nadzor nad provedbom prihvaćenih partnerskih ciljeva, koordinaciju i razmjenu informacija između zemalja partnera na internetu (Partnership Real-Time Information Management and Exchange system), planiranje i provedbu Procesa planiranja i raščlambe u Partnerstvu za mir, izradu analitičkih materijala za potrebe Uprave za obrambenu politiku, praćenje i usmjeravanje rada Vojnog odjela Misije Republike Hrvatske pri NATO-u, sudjelovanje u pripremi hrvatskih vojnih predstavnika za rad u Vojnom odjelu Misije Republike Hrvatske pri NATO-u i stožerima i drugim institucijama NATO-a, poticanje, praćenje i koordinaciju inicijativa i radnih skupina NATO-a, izradu godišnjeg nacionalnog programa Akcijskog plana za članstvo, financijsko osiguranje i praćenje provedbe aktivnosti u Individualnom partnerskom programu, izradu i praćenje izvršenja proračuna Službe za NATO i Partnerstvo za mir, obavljanje administrativnih poslova te vođenje arhive, stručno prevođenje dokumenata za potrebe Službe za NATO i Partnerstvo za mir.

• Vojni odjel Misije Republike Hrvatske pri NATO-u obavlja stručne poslove vezane za: zastupanje i predstavljanje Ministarstva i Oružanih snaga u sjedištu NATO-a i Vrhovnom zapovjedništvu savezničkih snaga za Europu u skladu s obrambenom politikom i smjernicama ministra obrane, savjetodavne poslove za veleposlanika u Misiji Republike Hrvatske pri NATO-u o svim oblicima vojnog sudjelovanja Republike Hrvatske u NATO-u i aktivnostima u Partnerstvu za mir, veze i koordinacije između institucija NATO-a i Ministarstva, provođenje aktivnosti u programu Partnerstva za mir te za organizaciju posjeta visokih dužnosnika Ministarstva i Oružanih snaga institucijama NATO-a, sudjelovanje u radu stručnih tijela (foruma, komiteta, skupina) institucija NATO-a, unapređenje odnosa Republike Hrvatske i NATO-a, predstavljanje Oružanih snaga i Ministarstva institucijama NATO-a.

• 3. Podregistar za prijam i pohranu informacija i dokumenata u razmjeni između Republike Hrvatske i NATO-a

• U skladu s prihvaćenim sigurnosnim standardima Republike Hrvatske i NATO-a definiranim potpisivanjem Sigurnosnog sporazuma, Republika Hrvatska i NATO razmjenjuju informacije i dokumente preko sustava Središnji registar-podregistri.

• Podregistar za prijam i pohranu informacija i dokumenata u razmjeni između Republike Hrvatske i NATO-a uz prijam, pohranu i distribuciju dokumenata svih vrsta tajnosti, u komunikaciji s NATO-om provodi i odgovara za ustroj sigurnosnih standarda koje je Republika Hrvatska preuzela potpisivanjem Sigurnosnog sporazuma s NATO-om. U tom poslu neposredno odgovara Središnjem registru. U svezi s navedenim poslovima surađuje sa svim upravama Ministarstva, i s Podregistrom NATO-a u Glavnom stožeru.

• Uprava za ljudske resurse upravna je organizacija u sastavu Ministarstva koja obavlja upravne i druge stručne poslove vezane za: osiguravanje jedinstvenog upravljanja službenicima i namještenicima, djelatnim, ročnim i pričuvnim vojnim sastavom potrebnim za popunu Ministarstva i Oružanih snaga od uvođenja u evidenciju, školovanja i raspoređivanja do umirovljenja, odnosno brisanja iz vojne evidencije svih kategorija vojnih osoba, službenika i namještenika, usmjerava i usklađuje rad službi u svom sastavu, sudjeluje u pripremi i brine se o provođenju politike upravljanja osobljem Ministarstva, planira, usmjerava i nadzire upravljanje osobljem i profesionalni razvoj pripadnika Oružanih snaga, planira, organizira i nadzire zdravstvenu i veterinarsku zaštitu u Ministarstvu i Oružanim snagama, upravlja stambenom imovinom i skrbi o stambenom zbrinjavanju pripadnika Ministarstva i Oružanih snaga, sudjeluje u donošenju ustrojstvenih rješenja Ministarstva i Oružanih snaga, sudjeluje u pripremi i izradi nacrta zakonskih i podzakonskih propisa koji se odnose na ljudske resurse te obavlja i druge poslove koje joj povjeri ministar.